Sus áreas de estudio corresponden a arte prehispánico de Mesoamérica y Andes Centrales e historiografía de arte prehispánico, con investigaciones en iconografía teotihuacana, así como estudios de traducción y apropiación de las imágenes aztecas en la pintura y literatura del periodo colonial y republicano en México. Ha colaborado en el registro y fichaje de piezas prehispánicas en el Museo Chileno de Arte Precolombino y realizado clases de arte prehispánico en diversas universidades.
Actualmente, María Eugenia se encuentra cursando Doctorado en Estudios Latinoamericanos, en la Universidad de Chile.
